Слово факультет буквально обозначает способность. В средневековом университете существовало четыре факультета. Младший — артистический (факультет artes liberales, то есть «свободных искусств»), где изучались риторика, логика, грамматика, арифметика, геометрия, астрономия и музыка; старшие — медицинский, факультет права (современный юридический, который, как и в наше время, пользовался большой популярностью: там обучалось около 50% студентов) и богословский (здесь обучались очень долго: около 15 лет, тогда как на всех остальных — 5-8 лет). В описаниях идей и задач университета наиболее часто употребляются такие понятия, как атмосфера мысли (Ньюмен); интеллигент духа (Ортега-и-Гассет); интеллектуальная совесть (Ясперс); поле, вкус (Бурдье). Обучение в университете велось на латыни. Университеты отличались друг от друга размерами: от нескольких сотен до 7000 (Париж) и даже 10000 учеников (Болонья), а также специализацией. Несмотря на то, что одни и те же факультеты были практически везде, считалось, что каждый университет отличен в какой-либо особой науке.

Занятия проходили в форме лекций. Лектор менял их изложение каждый год и никогда не носил с собой шпаргалок. В Парижском университете пошли еще дальше — статут 1355 г. обязывал магистров читать лекции в таком темпе, чтобы школяры не успевали их записывать, так как считалось, что это развивает память и заставляет их думать самих. В университете существовала также должность тьютора — наставника, обычно студента старшего факультета, помогавшего младшим товарищам в освоении материала.

В средневековом университете существовали следующие ученые степени: бакалавр, лицентиат и магистр. Лекции состояли из чтения и комментирования текстов, предусмотренных официальной программой, целью которой была передача материала. Показать применение этого материала можно было на диспуте, которые устраивались примерно раз в неделю, и средневековый диспут был похож на современный научный доклад: с оппонентами и рецензентами. Ознакомление с материалом происходило, правда, ранее, во время лекций. Победа на диспуте сразу же возводила человека в ранг лицентиата (ученая степень). Учебные помещения ничем не отличались от современных: стол для преподавателя и парты для учеников. Своих помещений преподаватели не имели, и поэтому занятия иной раз проходили и под открытом небом.