В России звание «магистр» вводится указом Александра I от 24 января 1803 года «Об устройстве училищ». Тогда же были введено звание доктор, а позднее и кандидат. Магистр занимал промежуточное положение между кандидатом (лицо, закончившее университет с отличием) и доктором. Магистерская степень давала право на чин титулярного советника (9 класс согласно Табели о рангах). Право «давать учёные степени или достоинства» предоставлялось пяти университетам: Московскому, Дерптскому (Юрьевский, позднее Тартуский), Казанскому и Харьковскому, а также руководствовавшемуся отдельным уставом Виленскому университету. Позднее право присуждать учёные степени получили университеты в Варшаве, Киеве, Санкт-Петербурге. 20 января 1819 года императорским указом было принято «Положение о производстве в ученые степени», унифицировавшее систему учёных степеней и требования к ним в заведениях, подведомственных Департаменту народного просвещения.

Присуждение учёной степени магистра осуществлялось после сдачи магистерского экзамена (состоявшего из устной и письменной частей) и защиты диссертации на собрании университетского факультета; в некоторых случаях требовалась также публичная лекция. Подготовка к магистерскому экзамену занимала до 4 лет, известны лишь единичные случаи подготовки к такому экзамену за два года. Таким образом, дореволюционный магистр может быть приблизительно приравнен к современному кандидату наук. Исключением являлась присваиваемая духовными академиями степень магистра богословия, которая, как и степень кандидата богословия, присваивалась без защиты диссертации, только по результатам обучения в духовной академии (для получения степени доктора богословия защита диссертации была необходима). Присуждение степени магистра утверждалось министром духовных дел и народного просвещения.

Требования к российской учёной степени магистра примерно соответствовали степени «доктор философии» в странах Европы того времени. Так, учёная степень доктора философии, полученная в университетах этих стран, приравнивалась к степени магистра, причём лишь после соответствующей аттестации в университете.

В 1884 году в большинстве высших учебных заведений России отменяется кандидатская степень и утверждается система магистр — доктор.[2][3]

В 1917 году в России упраздняются все научные степени и до 1934 года учёных степеней нет.