Ежегодно путем открытого конкурса отбираются 3 тыс. общеобразовательных учреждений, внедряющих инновационные образовательные программы. На государственную поддержку могут претендовать школы, отвечающие требованиям, определенным Министерством образования и науки Российской Федерации в приказе № 46 от 7 марта 2006 года. Победителям конкурса на реализацию их инновационных программ предоставляется государственная поддержка в размере 1 млн руб. каждой школе. Средства для поощрения инновационных общеобразовательных учреждений направляются из федерального в региональные бюджеты в форме субсидий.

В 2006 году из федерального бюджета на эти цели было выделено 3 млрд руб., и 3 тыс. российских школ получили помощь от государства.

Квоты на количество победителей конкурса распределяются по регионам пропорционально количеству городских и сельских школьников.