В 1993 году термин «магистр» возвращается как квалификация выпускников образовательных учреждений высшего профессионального образования.

Положение магистратуры в современной российской системе образования двойственное. С одной стороны — это система повышения квалификации бакалавров и специалиcтов, с другой стороны квалификация «магистр» приравнивается к квалификациям выпускников вузов.

Нормативный срок программы подготовки магистра (при очной форме обучения) — 2 года. Однако предварительно студент должен освоить программу подготовки бакалавра (4 года) или специалиста (5 лет). Квалификация присваивается по результатам защиты магистерской диссертации на заседании Государственной аттестационной комиссии и даёт право поступления в аспирантуру.

С 1 сентября 2009 года квалификации бакалавра и магистра станут основными квалификациями для поступающих в российские вузы